Applied quantitative proteomics analysis

Resumen

En esta tesis se ha aplicado el estado del arte en análisis cuantitativo en proteómica. Los datos analizados en este trabajo, provenientes de tres proyectos distintos, fueron obtenidos usando tres de las técnicas más utilizadas en proteómica: cuantificación label-free, marcaje isobárico y SWATH. Los resultados obtenidos en los diferentes proyectos son también interpretados mediante múltiples herramientas bioinformáticas. La cuantificación label-free es utilizada aquí para obtener la combinación óptima de software y parámetros usando un conjunto de datos públicos. El marcaje isobárico, usando TMT, se emplea en el estudio de los diferentes perfiles de expresión proteica, obtenidos con dos modelos de hipoxia de diferente severidad en cerebros de rata. La técnica SWATH se busca en la búsqueda de biomarcadores de síndorme de ovario poliquístico en plasma. Por último, los elementos necesarios para la implantación de una plataforma de análisis proteómica , en términos de software y hardware, se describen en forma detallada. In this thesis, the state of the art in quantitative proteomics analysis has been applied. The data analyzed in this work, coming from three different projects, were acquired using three of the most used techniques in proteomics: label-free, isobaric labeling and SWATH. The results obtained in the different projects are also interpreted using multiple bioinformatics tools. The label-free quantization is used here to asses the optimal combination of software and parameters using a public data set. Isobaric labeling, using TMT, is employed to study the different profiles in protein expression when two hypoxic models, with different severity, are applied in rat brains. The SWATH technique is used in the search of biomarkers for polycystic ovary syndrome in plasma. Finally, the elements required for setting up a platform for proteomics analysis, both in terms of hardware and software, are comprehensively described.